北交所股票交易佣金默认费率为成交金额的万分之三，买卖双向收取，单笔交易佣金不足5元按5元收取，资金量较大或交易频繁的投资者可协商至万分之二点五左右，最低合规全佣成本约万分之一点三五。
北交所佣金执行严格的监管标准，最高不超过成交金额的千分之三，目前市场主流券商默认费率均为万三，该费率包含交易所经手费、证管费等规费，属于全佣模式。北交所交易经手费为万分之一点二五、过户费为万分之零点一，两项合计万分之一点三五，构成券商佣金的刚性成本，因此正规全佣费率不可能低于此水平，市场上宣称万分之一以下的佣金多为不含规费的净佣，实际交易成本会更高。
北交所佣金采用买卖双向收取规则，买入与卖出均按约定费率计算，仅卖出时额外收取成交金额万分之五的印花税，这是国家统一征收的固定税费，无协商空间。过户费同样双向收取，费率为万分之零点一，由中国结算公司收取，通常包含在券商全佣中，不会单独向投资者收取。
投资者可通过券商客户经理申请佣金优惠，资金量50万以上或月交易频次较高的账户，更容易协商至万分之二点五的合规低佣，部分头部券商对高净值客户可给到接近成本价的万分之一点五全佣。协商时需明确约定为全佣模式，避免净佣叠加规费导致实际成本上升，同时所有正规券商均执行单笔5元最低收费规则，不存在违规免五的情况。
北交所佣金标准与沪深A股存在差异，核心原因是交易所经手费更高，北交所万分之一点二五的经手费远高于沪深市场的万分之零点五左右，导致券商全佣定价整体略高。投资者在开通北交所交易权限前，应提前与券商确认佣金费率，优先选择包含全部规费的全佣方案，长期交易可显著降低成本。
