北交所与沪深交易所在定位、规则和服务对象上存在根本性差异，这些区别深刻影响着中国资本市场的多层次发展格局。
在核心定位上，北交所专注于服务创新型中小企业，特别是专精特新类企业，为它们提供灵活的融资渠道；而沪深交易所则主要服务于成熟大型企业和成长型蓝筹股，上交所侧重战略新兴企业，深交所覆盖创新成长型企业，三者共同构建了互补的资本市场体系。这种差异源于北交所的公司制组织架构，与沪深交易所的会员制形成鲜明对比，体现了国家对中小企业发展的政策倾斜。
上市门槛方面，北交所的条件更为宽松和灵活，降低了市值和盈利要求，以吸引更多中小型科技企业上市；沪深交易所的主板、科创板和创业板则设置了较高的标准，强调企业的稳定性和规模，这反映了不同交易所对风险管控和市场稳定的差异化考量。这种设计确保了北交所成为中小企业快速成长的跳板，而沪深交易所则维持了主板市场的稳健性。
交易规则上，北交所实行30%的涨跌幅限制，新股首日不设限但引入临时停牌机制，交易申报可零股递增；沪深交易所主板涨跌幅为10%，创业板和科创板为20%，新股首日规则更严格，这种区别适应了中小企业股价波动性高的特点，同时保护投资者利益。北交所的灵活机制源于其与新三板的一体化管理，强化了转板制度，而沪深交易所的规则则更注重市场整体稳定性。
投资者结构和准入方面，北交所以机构投资者为主，个人参与需满足较高资产和经验门槛；沪深交易所则散户占比更高，结构更多元化，这源于北交所对中小企业高风险属性的针对性设计。北交所的信息披露制度更侧重中小企业特性，而沪深交易所采用普遍性标准，体现了监管对不同市场层次的差异化安排。
