严格来讲北交所并没有传统意义上的主板，整体市场统一执行一套交易制度，对比沪深主板，北交所整体具备上市门槛宽松、涨跌幅更大、准入门槛较高、标的以专精特新小企业为主这几项核心特点，整体投机性更强，流动性偏弱，同时配套有转板机制。
沪深主板重点接纳成熟大型蓝筹企业，连续多年盈利指标要求严苛，北交所设置了多套差异化上市标准，对连续盈利要求更为灵活，不需要企业长期保持高额利润，重点扶持专精特新细分中小企业，大量标的由新三板精选层直接平移而来。整体企业平均市值偏低，大多集中在几十亿元区间，千亿级别龙头企业数量极少，行业大多集中在高端制造、新材料、精密零部件等细分赛道，和主板金融、消费、大型基建龙头扎堆的格局有明显区别。
在二级市场交易规则上，北交所和沪深主板差异十分明显。日常个股涨跌幅限制设定为30%，新股上市首日不设置涨跌幅约束，对比主板10%的日波动上限，单日价格博弈空间更大。另外限价申报存在5%的价格笼子，相比沪深主板2%的区间更为宽松，短线资金更容易快速拉升或者砸盘。开通交易权限存在硬性约束，需要账户20日日均资产达到50万元，并且拥有两年以上证券交易经验，普通散户无法直接参与，整体散户参与体量低于沪深主板，也直接造成多数个股成交活跃度不足，买卖价差偏大，大额资金进出难度较高。
在监管以及长期资本运作方面，北交所退市标准更为细化严格，持续经营能力偏弱的小企业更容易触发退市条件，长期风险高于主板。同时市场设有转板通道，符合条件的上市企业可以直接转至科创板或者创业板上市，不少企业把北交所当作阶段性跳板，不会长期停留。主板上市公司再融资、定向增发、并购重组流程成熟便捷，北交所相关配套工具还不够完善，企业做大后的资本运作灵活性比不上沪深主板，这也间接影响机构长期持仓意愿。北交所适合有风险承受能力的投资者挖掘细分赛道成长标的，普通稳健型投资者依旧更适合布局传统主板市场。
